Sekolah Islam Al Azhar Makassar didirikan pada bulan November 2006 dengan  sebuah yayasan Kerjasama yang diberi nama Yayasan Misi Mulia Education yang berkantor di Jl. Pengayoman No. 36 A Panakukang Mas  kota Makassar. Yayasan ini mulai merekrut tenaga pendidik dan secara resmi beraktivitas pada bulan Januari 2007. 

Yayasan Misi Mulia Education kemudian berganti nama menjadi Yayasan Insan Unggul dengan akte notaris No.14 tanggal 7 Februari 2007 sekligus ditetapkan sebagai hari jadi sekolah Islam Al Azhar Makassar. 

Pada tanggal 25 Oktober 2008, dilaksanakan penandatanganan MOU dengan Yayasan Pesantren Islam Al Azhar (YPI) pusat,Jakarta. Di tahun yang sama, unit KB-TK 34 dan SD Islam Al Azhar 34 Makassar secara resmi beroperasi. Kemudian pada tahun 2011 SMP Islam Al Azhar 24 didirikan dan seterusnya pada tahun 2014 SMA Islam Al Azhar 12 Makassar mulai beroperasi. 

Pada tahun 2011 Sekolah Islam Al Azhar mulai melakukan pembenahan dengan membangun berbagai fasilitas termasuk gedung baru di Jln. Aroeppala, Hertasning Baru, dan setelah gedung tersebut rampung maka seluruh aktivitas pembelajaran dan pelayanan pendidikan berlangsung secara keseluruhan di gedung tersebut sampai sekarang.

Yayasan Insan Unggul berganti nama menjadi Yayasan Sinergi Insan Unggul pada tanggal 23 juli 2014 dalam perjalannya Sekolah Islam Al Azhar Makassar telah mengalami beberapa kali perubahan dan pergantian pengurus serta kepemilikan.

  1. Pada tahun awal berdirinya pengurus sekaligus pemilik Yayasan Sinergi Insan Unggul di ketuai oleh Almarhum Bapak H. Andi Baso Abdullah,SE sampai dengan tahun 2016.
  2. Pada tahun 2016 sampai sekarang pengurus Yayasan diketuai oleh Bapak Drs. H. Andi Patabai Pabokori.

Informasi lengkap setiap unit dapat dilihat di laman masing-masing unit yang telah disediakan.